абсолютно без разницы, эти понятия [pal, secam] относятся к формированию цветного аналогового сигнала и не применимы к DVD или к любому другому цифровому видео,
А в настройках той софтины по сути они отвечают за
Разрешение и
Соотношение сторон (Aspect ratio).
собственно по этому и не люблю подобного рода "гламурные" софтины, красиво, но глюков бывает не оберёшься.
V-DUB решает